Bảo tàng Đà Nẵng được thành lập dựa trên cơ sở hợp nhất Bảo tàng Đà Nẵng (sau khi chuyển chức năng, nhiệm vụ quản lý di sản văn hóa về Ban Quản lý Di tích và Danh thắng thành phố Đà Nẵng), Bảo tàng Mỹ thuật Đà Nẵng và tiếp nhận chức năng, nhiệm vụ bảo tàng từ Ban Quản lý Di tích và Danh thắng thành phố Đà Nẵng theo Quyết định số 1478/QĐ-UBND ngày 15/9/2025 của Ủy ban nhân dân thành phố Đà Nẵng.

Hiện nay, Bảo tàng Đà Nẵng gồm 3 địa điểm:

Bảo tàng Đà Nẵng (Số 31 Trần Phú, phường Hải Châu, thành phố Đà Nẵng),

Bảo tàng Mỹ thuật Đà Nẵng (Số 78 Lê Duẩn, phường Hải Châu, thành phố Đà Nẵng)

Bảo tàng Đà Nẵng cơ sở 2 (Số 281 Phan Bội Châu, phường Bàn Thạch, thành phố Đà Nẵng).