Ngày 02 tháng 5 năm 1989, Ủy ban nhân dân tỉnh Quảng Nam – Đà Nẵng ban hành Quyết định số 1047/QĐ-UB về việc thành lập Bảo tàng tỉnh Quảng Nam – Đà Nẵng trên cơ sở Phòng Bảo tồn Bảo tàng trực thuộc Sở Văn hóa Thông tin tỉnh Quảng Nam – Đà Nẵng. Bảo tàng tỉnh Quảng Nam – Đà Nẵng chịu trách nhiệm quản lý toàn bộ các di tích và hai Bảo tàng trên địa bàn thành phố: Bảo tàng Lịch sử và Bảo tàng Nghệ thuật Điêu khắc Chăm. Trụ sở ban đầu của Bảo tàng đóng tại số 24 Thống Nhất (nay là 78 Lê Duẩn, Đà Nẵng).

Sau khi chia tách tỉnh Quảng Nam – Đà Nẵng thành tỉnh Quảng Nam và thành phố Đà Nẵng vào năm 1997, Bảo tàng Đà Nẵng được thành lập lại theo Quyết định số 901/QĐ-UB ngày 09 tháng 4 năm 1997 của Uỷ ban nhân dân lâm thời thành phố Đà Nẵng.

Để tạo điều kiện nâng cao chất lượng hoạt động bảo tàng, khai thác các thế mạnh của từng bảo tàng chuyên ngành; đồng thời tăng cường công tác quản lý, bảo vệ, khai thác và phát huy tốt giá trị di sản văn hóa trên địa bàn thành phố, đáp ứng xu thế phát triển tất yếu của một Đô thị loại I, UBND thành phố Đà Nẵng đã đầu tư xây dựng trụ sở và trưng bày mới Bảo tàng Lịch sử tại địa điểm 24 Trần Phú; đồng thời quyết định tách Bảo tàng Điêu khắc Chăm và Phòng Quản lý Di sản thuộc Bảo tàng Đà Nẵng để thành lập Bảo tàng Điêu khắc Chăm Đà Nẵng vào ngày 02 tháng 7 năm 2007 và thành lập Trung tâm Quản lý Di sản văn hóa thành phố Đà Nẵng vào ngày 08 tháng 02 năm 2011.

Sau gần hai năm triển khai thi công trưng bày, vào ngày 26 tháng 4 năm 2011, Bảo tàng Đà Nẵng mới đã chính thức khánh thành và đi vào hoạt động phục vụ khách tham quan. Đây là một thành quả lớn, bước tiến mới trong sự nghiệp bảo tàng của thành phố Đà Nẵng.Bảo tàng Đà Nẵng là một công trình, thiết chế văn hóa tiêu biểu, quan trọng của thành phố Đà Nẵng và là một trong những bảo tàng khang trang, hiện đại của miền Trung Việt Nam. Nội dung trưng bày của Bảo tàng đa dạng về chủ đề, phong phú về hiện vật, sống động với các không gian tái tạo, được thể hiện dưới góc nhìn và phương pháp của bảo tàng học hiện đại. Nhiều tài liệu, hiện vật gốc có giá trị điển hình về lịch sử, văn hóa, những bộ sưu tập cổ vật quý hiếm lần đầu tiên được đưa ra giới thiệu. Tất cả đã tái hiện khái quát và tiêu biểu tiến trình lịch sử – văn hóa của mảnh đất và con người Đà Nẵng từ buổi đầu khai phá mở mang bờ cõi, chống giặc ngoại xâm, giành độc lập cho đến thời kỳ hòa bình, đổi mới, hội nhập và phát triển thành một đô thị năng động nhất miền Trung.